Có rất ít tài liệu ghi chép chính xác về thân phận và cuộc đời của Ōtani Yoshitsugu. Theo những tài liệu phổ biến nhất thì cha ông tên là Ōtani Yoshifusa hoặc Ōtani Moriharu, mẹ ông là một trong những người hầu của Nene, ông sinh ra và lớn lên ở tỉnh Ōmi. Người ta cho rằng tên hồi nhỏ của ông là Keimatsu, dựa trên một câu truyện rằng một quả thông ở miếu thờ nơi mẹ ông cầu xin sẽ hạ sinh con trai nỗi dõi. Quả thông đó rơi xuống đúng chỗ chân của bà, bà nghĩ đây là phước trời ban và ăn nó. Sau đó bà hạ sinh ông, cha ông đã rất vui sướng và đặt tên ông là Keimatsu. Khi phục vụ cho Hideyoshi, tên ông được đổi sang Heima, tên được đặt khi ông làm thủ lĩnh đội kị binh ở vùng đồng bằng Harima, nhiều nguồn ghi lại thì ông còn đổi tên sang Gyōbu, rồi Yoshitsugu. Ông có một số biệt danh như "Bạch Mạo" hay "hình bộ đại nhân" vì giai đoạn đó ông mắc chứng bệnh phong cùi, khiến khuôn mặt ông trông đáng sợ, nhiều khi ông phải quấn khăn che mặt hoặc đeo một chiếc mặt nạ màu trắng.

Về gia đình thì ông không có vợ chính thức và không rõ ông có con ruột không, chỉ biết rằng ông có ba người con trai, con gái ông kết hôn với Sanada Yukimura, con trai thứ hai của ông Otani Yoshitaka chết cùng ông trong trận Sekigahara theo nghi thức seppuku, hai người con còn lại vẫn là vấn đề gây tranh cãi rằng họ chết trong cuộc vây hãm Osaka của nhà Tokugawa hay sống sót trong thời kỳ còn lại của thời Edo